Ekrem Ender Ergün, 1989 yılında Trabzon'da doğdu. Çocukluk ve gençlik yıllarını İstanbul'un Üsküdar ilçesinde geçirdi. İlk ve orta öğrenimini burada tamamladıktan sonra 2012 yılında Kocaeli Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi İktisat Bölümü'nden mezun oldu.
Üniversite eğitiminin ardından özel sektörde bankacılık alanında görev yapan Ergün, daha sonra ticaretle uğraştı. Kamu hizmetine yönelerek 2019 yılında kaymakamlık mesleğine intisap etti.
Meslek hayatının ilk döneminde Malatya'nın Akçadağ ve Aydın'ın Karpuzlu ilçelerinde vekâleten kaymakamlık görevlerini yürüttü. Ardından 20 Ağustos 2021 tarihli ve 31574 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan 2021/412 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Bolu'nun Mengen ilçesine Kaymakam olarak atandı.
6 Şubat 2023'te meydana gelen Kahramanmaraş merkezli depremlerin ardından Kahramanmaraş Vali Yardımcısı olarak görevlendirilen Ergün, afet bölgesindeki kamu hizmetlerinin koordinasyonunda görev aldı.
İçişleri Bakanlığının 2 Kasım 2024 tarihli onayıyla Şırnak'ın Uludere ilçesine Kaymakam olarak atanan Ekrem Ender Ergün, 15 Kasım 2024 tarihinde görevine başladı.
2026/148 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararı ile Bartın Vali Yardımcılığı görevine atanan Ekrem Ender Ergün, mülki idare amirliği kariyerini Bartın'da sürdürmektedir.
